『真・女神転生』及び続編では、「メシア教」と「ガイア教」という架空の宗教の対立を描く、一種の宗教戦争のようなストーリーであった。それ以降のシリーズでは、あまりこういったストーリーは見られなくなっている(オウム事件も影響しているのかも知れない…)。
『デビルサマナー葛葉ライドウ対超力兵団』(以下『超力兵団』)の場合は、「ヤタガラス」も一種の宗教であろう。本家「ろーだいありー」の「『超國家機関ヤタガラス』はなぜ怖ろしいのか?」でも書いているように、かつて実在した宗教「国家神道」がモデルであることは間違いない。いずれ「ヤタガラスはなぜ~」で書くテーマだが、『超力兵団』のストーリーによると、ヤタガラスは後に「別の架空の宗教に変わる」ということになっているらしい。しかしこれは明らかにおかしい。国家神道は国家神道であり、それ以外のものに変わることはないはずだからだ。国家神道自体は、戦後に解体されている。しかし、それを復活させようなどという右翼グループも居るようだが、それは止めるべきである。